kk体育人类和许多其他真核生物由数十亿个细胞组成,属于由细胞内在和细胞外在因素决定的异质细胞类型和功能细胞状态。从本质上讲,细胞内不同“组学”层之间存在复杂的交互式分子层次结构:从基因组和表观基因组到转录组,蛋白质组和代谢组,然后再返回。从本质上讲,细胞的功能状态可以通过直接的物理相互作用(例如受体-配体相互作用)被其邻近细胞调节,通过一个细胞分泌的信号分子(可以通过远程细胞上的受体起作用(例如形态原信号通路),或者通过其他微环境因素(例如化合物梯度)1.因此,研究多细胞生物如何从全能单细胞发育并随后发挥作用,老化和发展疾病,需要单细胞和空间多组学方法(也称为多模态组学方法)。
用于单个细胞单峰(单组学)测量的强大技术,例如单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 方法2,已经发展到彻底改变细胞类型的发
现和理解及其不同的功能细胞状态,暴露于外部刺激和药物时的细胞可塑性,以及细胞分化或重编程轨迹3.这些技术的力量在人类细胞图谱(HCA)的推动下得到了强调。1,4以及之后的其他基于联盟的资源,这些资源主要旨在创建生物体的细胞参考图谱,包括每种细胞类型的位置、功能和特征。然而,为了对单个细胞中从基因组到表型组的分子层次结构有基本的了解,单细胞和空间分辨率的多组学方法是必要的。它们能够研究表观基因组水平上的基因调控与转录组和/或蛋白质组水平上的基因表达之间的分子间动力学,这些基因在发育、衰老和疾病中的相同单细胞中毫不含糊。此外,这些技术能够研究单细胞基因组中获得性遗传变异对其自身功能和表型特征以及(周围)组织功能等的影响,如本综述所示。近年来,该领域取得了惊人的进步,并且在技术和计算上都迅速成熟,使理解细胞生物学的广泛应用成为可能。
细胞生物学的相关研究一直受限于数据的完整性和表型的完整性,对应激状态和稳态下的细胞区别观察不够充分。过去五年中,计算机视觉和语音识别领域通过对大量的无标签数据进行学习、建模,很好的解决了数据不足的问题。同样在最近的研究中,机器学习方法使用单细胞数据进行扰动建模也推动了细胞生物领域前进。对于生物学家来讲,无论研究基因、转录本、修饰、蛋白功能,都要频繁的进行人为干预,实现对感兴趣变量的正向或者反向改变,观察细胞表型的变化。整个过程需要对干预工具的构建、导入、实验观察,从而得出表型结论。扰动建模的目的就是想要通过数学模型的建立,通过对已有数据的分析、归纳和总结,对一个分子的功能在没有实验时做出预判,对于生物学家和药物研发者来讲,好的模型一定能够帮助加深对生物机制的理解,推动药物的研发进程
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1. 单细胞转录因子(SCENIC)及其细胞通讯(Cellchart)的介绍
5. 讲解单细胞WGCNA,利用关联共表达找到某些细胞中有关联作用的基因list(这里统一指模块分析)。
5. 基于OTU的差异表达分析,热图,箱型图绘制微生物biomarker鉴定
利用PLOS Computational Biology(IF:5分)发表零代码工具,轻松完成差异表达分析,常见统计分析,常见可视化,内置7种机器学习方法,轻松调用。
利用机器学习基于蛋白组学数据预测表型,基于蛋白组学数据复现cell中机器学习分析结果
利用机器学习鉴定疾病相关蛋白标志物,基于Olink数据,复现影响因子17分文章中,蛋白数据常规分析+时序蛋白聚类分析+机器学习分析结果
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机器学习微生物组学和机器学习蛋白组学主讲老师来自国内高校李老师授课,有十余年的微生物组数据分析经验。研究领域涉及机器学习,芯片数据分析,微生物组数据分析,DNA,RNA,甲基化测序数据分析,单细胞测序数据分析,miRNA及靶基因分析等,发表SCI论文30余篇,其中一作及并列一作15篇。
机器学习代谢组学主讲老师来自985高校神经科学博士,主要利用代谢组学、转录组学和分子生物学等技术研究神经内科慢性病的发病机制和生物标志物。擅长高效液相色谱-质谱联用(LC-MS)技术进行非靶向和靶向代谢组学从样本制备到数据分析的全流程研究,以及多组学大数据的生物信息学整合分析。5年内在J Clin Invest, EBioMedicine, Cell Death Dis, Cell Death Discov, Nanotoxicology等杂志发表SCI论文10篇。
全国各大高校、企业、科研院所从事人工智能、生命科学、代谢工程、有机合成、天然产物、药物、生物信息学、植物学,动物学、化学化工,医学、基因组学、农业科学、植物学、动物学,临床医学、食品科学与工程、肿瘤免疫与靶向治疗、 全基因组泛癌分析、人黏连蛋白折叠基因组机、病毒检测、功能基因组、遗传图谱、基因挖掘变异、代谢组学、蛋白质组学、转录组学、生物医学、癌症、核酸、毒物学等研究科研人员及爱好者
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